電子標簽還存在許多在應用技術方面需要進一步解決的問題，其中，低成本開發、低功耗的標簽芯片、防碰撞算法、安全技術等已成為研究重點。下面介紹電子標簽目前存在的主要問題。

　　(1)標簽的性能問題。電子標簽通常容易受到金屬或水等液體的影響，如果在標簽和讀寫器之間存在金屬物，那么無論采用什么工作頻率都無法正常通信。這主要是由于磁場與無線電波均會被金屬反射。對于超高頻應用，若將電子標簽貼在金屬物品的表面或者液體物體的表面時，由于電磁信號本身的特點，可能會使得電子標簽的電磁信息被液體吸收或者被金屬反射，導致信號失真或者無法接收到信號。另外，將多個電子標簽緊貼在一起，則會產生信道工作頻率的偏移，也會導致RFID標簽無法正常讀取。

　　以2.45 GHz頻帶的RFID為例，2.45 GHz頻帶的無線電會被水吸收。例如，將電子標簽貼在飲料瓶上時，從瓶罐背面掃描就讀不出信息，其解決方法，是想辦法將電子標簽貼在飲料瓶兩側，或者在多個位置設置掃描儀或讀寫器。

　　(2)特殊尺寸的電子標簽。隨著RFID應用模式多樣化，以及應用規模的增加，特殊尺寸和多樣性的電子標簽也成為需要解決的問題，尤其是尺寸更小、性能更佳且封裝材料更符合應用場景的標簽已成為目前特殊行業RFID應用的發展趨勢。隨著標簽尺寸的縮小，電子標簽的天線及芯片等關鍵部件的尺寸也需要相應減少，這對于RFID天線的設計與標簽的封裝工藝來說，將是一個重要的挑戰。

　　(3)電子標簽的成本問題。電子標簽的成本問題，將會極大地影響和限制RFID的進一步推廣和應用。電子標簽的成本與RFID的應用層次、應用模式及應用規模之間都具有極大的相關性。

　　在新的制造工藝沒有普及推廣之前，高成本的電子標簽只能用于一些本身價值較高的產品。美國目前一個電子標簽的價格為0.30～0.60美元，對一些價位較低的商品，采用高檔RFID標簽顯然還不合算。

　　(4)電子標簽的安全性和隱私問題。電子標簽會涉及個人隱私等信息安全問題，電子標簽在物品購買和使用過程中，可能造成個人消費和其他隱私信息的暴露，這是RFID普及之前必須克服的問題。

　　(5)標準化問題。標準化是推動產品獲得市場廣泛接受的必要措施，但射頻識別讀寫器與標簽的技術仍未見其標準統一。不同制造商所開發的標簽通信協定，使用不同的頻率，且封包格式不一。此外，標簽上的芯片性能，存儲器存儲協議與天線設計約定等方面也都需要統一標準。